באשר לתהליך היווצרות בקע זה חלוקות הדעות. בעבר הייתה מקובלת ההנחה שהבקע נוצר כתוצאה מתנודות טקטוניות אנכיות, אולם קיימת סברה לפיה תנועות אופקיות גרמו להיווצרותו, שכן זהו תפר בין שני לוחות טקטוניים, ונמצא כי הצד המזרחי של הבקע נע צפונה יחסית לצד המערבי. הוכחה לכך ניתן לראות בעובדה שסוגי הסלעים משני צדי הבקע אינם זהים, לעומת זאת נמצאו שכבות סלע זהות בצד המזרחי במרחק קבוע של 110 ק"מ צפונה לאלו שבצד המערבי. לדוגמה: בצפון בקעת הירדן נובעים מעיינות חמים באזור חמאם אל-מליח מתוך סלעי גיר וחוואר צהוב, והם דומים לגיר ולחוואר שנמצאו באזור מג'דל שאמס לרגלי החרמון, שנמצא בצד המזרחי של הבקע במרחק 110 ק"מ צפונה משם. לעומת זאת הסלעים שנחשפו בנחל יבוק, בערך מול ואדי מאליח ממזרח לירדן, מורכבים מגיר חול וחרסית ושונים מהגיר הקשה ומהחוואר שבוואדי מאליח ובחרמון. כמו גם הנחושת של תמנע, שנמצא כמוה גם בפונון, מזרחית לירדן, במרחק 110 ק"מ צפונה.
כיום נמדדת תזוזה קבועה של כס"מ אחד בשנה[דרוש מקור] בצד המזרחי יחסית למערבי. כמו כן נמדדת פעילות טקטונית רבה וחזקה יחסית, ומוקדי הרעשים האחרונים שהורגשו בישראל היו לאורך השבר.
טופוגרפיה
חתך לרוחב הבקע מציג מבנה כללי של שתי מדרגות: התחתונה היא מישור ההצפה של הירדן הנקרא "גאון הירדן" (זור בערבית) שרוחבו הממוצע הוא 1,200 מטר אך במקומות רבים הוא מצטמצם ל-500 מטר ואף פחות. והעליונה היא "ככר הירדן" (ע'ור) בה ממוקמים היישובים ושטחי החקלאות, ובה עובר כביש הבקעה (מס' 90). מבנה זה קיים בשני צידי הירדן, אלא שבצד המזרחי (הירדני) השטח לרוב רחב יותר, משום שהנחלים ממזרח גדולים יותר ונושאים סחף רב יותר אל הירדן. בין הע'ור לזור ישנם מדרונות תלולים שגובהן 15–25 מ' בצפון ועד 40 מטר ויותר בדרום, ובתוכן ישנו אזור של בתרונות שרוחבו מ-1 ק"מ בצפון עד 3 ק"מ במרכז הבקע, באזור שפכו של נחל יבוק ממזרח, ומשם ודרומה הוא הולך וצר.
ממערב לכיכר הירדן (ע'ור) מתרוממים המדרונות המזרחיים של הרי השומרון בשיפוע ממוצע של כ-4 מעלות, אולם ישנם קטעי שטח בהם מגיע השיפוע עד 15 ואף 20 מעלות. בגזרה הצפונית קיימות מספר פרצות טופוגרפיות כאשר העמוקה שבהן היא הגראבן (פרוזדור טקטוני) של נחל תרצה (ואדי פאריעה) ופרצות נוספות הן ביקעת טמון וואדי מאליח באזור מחולה, ובגבול הצפוני נחל בזק (ואדי שובש). פרצות אלו מכתיבות את כווני הדרכים מגב ההר לבקע.
בדרומו ובמרכזו המדרון מהשומרון לבקע רצוף ובקושי מאפשר מעבר בכיוון מזרח-מערב.
נחל בזק - נחל אכזב. מפריד בין השומרון המזרחי לרכס הגלבוע. אורכו כ-10 ק"מ. יורד מאזור הכפר רבא לכיוון צפון מערב ופונה מזרחה ב"ברך". שטח אגן הניקוז 40 קמ"ר. יוצא לבקע באזור "הקו הירוק".
ואדי חשנה - מתחיל מצפון לתיאסיר, יורד לצפון מזרח אל הכפר ברדלה צפונית למחולה.
נחל מלחה או ואדי אל מאליח - מתחיל מצפון מערב לטובאס, אורכו כ-20 ק"מ, אגן ניקוז בשטח של 90 קמ"ר, יוצא לבקע בין מחולה לשדמות מחולה, בנחל זורמים מי מעיינות מלוחים הנובעים בחמאם אל-מליח ובעין ג'מאל.
ערוצי רכס אום זוקה - אלו מספר נחלים קצרים היורדים בתלילות מאום זוקה לבקע. בהם יש קניונים קטנים אך יפים, כמו ואדי פיראן ונחל תלכיד.
ואדי דורה אבו סידרה - אורכו מטמון עד מרג' נעג'ה (ליד ארגמן) 21 ק"מ. מנקז את בקעת טמון ועובר בדרכו לדרום מזרח ליד המושב רועי. אגן ניקוז בשטח של 60 קמ"ר.
עין קלט, סמוך ליריחונחל תרצה (ואדי פאריעה) - הגדול בנחלים המנקזים את מזרח השומרון. אורכו כ-40 ק"מ ושטח אגן הניקוז שלו הוא 300 קמ"ר. הנחל מתחיל מזרחית לשכם בבקעת בית דג'ן ונמשך צפונה, שם הוא נקרא ואדי עזמוט ואחר כך ואדי בידא. באזור עינות בידאן שעל כביש שכם - גשר אדם (כביש 57) הוא פונה מזרחה בתוך בקע טקטוני, ולמעשה בנקודה זו הוא משלים הקפה של הר כביר במעגל ובזה הוא מנקז את כל מורדות ההר. 3 ק"מ מזרחית לשם נשפך אליו יובל המושך מים ממעיינות פריעה, אל הבקעה הוא יוצא באזור הג'יפתליק. לפני שהוא נשפך אל הירדן, באזור בתרונות החואר הוקמה על ידי אגודת המים של המועצה האזורית בקעת הירדן מערכת מאגרי מים גדולה ומשוכללת לתפיסת מי השיטפונות, מי המאגרים משמשים להשקיית שטחי החקלאות של היישובים באזור. את מי הנביעות הזורמים בנחל תופסים החקלאים הפלסטינים להשקיית שדותיהם שלאורך הנחל, בעיקר באזור הג'יפתליק.
ואדי אל אחמר - הנחל מתחיל מדרום לכפר בית דג'ן נמשך לדרום-דרום מזרח ובבקעת גיתית - מכורה פונה לדרום, וצפונית למעלה אפרים חוזר ופונה לדרום מזרח בקניון קצר בסלע גיר. אורכו כ-20 ק"מ ומנקז שטח של 105 קמ"ר.
נחל פצאל - באורך 11 ק"מ, במוצאו אל מישור הבקעה מתחבר אליו ואדי רשאש, בסמוך לעינות פצאל. אגן הניקוז של שני הואדיות הוא 32 קמ"ר. בוואדי רשאש נובע עין רשאש.
ואדי מלחה הדרומי - נחל המנקז אליו מספר נחלים קצרים ותלולים של 5–7 ק"מ כל אחד. אל עבר ביצות מלחה. השטח המנוקז המשותף הוא 40 קמ"ר.
נחל ייט"ב (ואדי עוג'ה) - מתחיל בהר בעל חצור, יוצר מעוק עמוק מזרחית לבקעת סמיה, אורכו כ-13 ק"מ ושטח אגן הניקוז הוא 70 קמ"ר. לאורך הנחל נובעים שני מעיינות גדולים: עין סמיה ועין עוג'ה.
מפעל אספקת המים בקעת הירדן של חברת "מקורות" נועד לספק מים לתושבים היהודיים בבקעת הירדן. המפעל עצמאי ואינו קשור למערכת הארצית וכולל 44 בריכות, 28 קידוחים ו-28 תחנות שאיבה. ההפקה השנתית עומדת על 31,500 מיליון מ"ק.
לפי אתר החברה: "התנאים הטופוגרפיים באזור קשים ביותר – העברת מים מרום של 400 מטרים מתחת לפני הים עד לרום של 800 מטרים מעל פני הים, האקלים הקיצוני במיוחד, 45 מעלות בקיץ, וכן התנאים הביטחוניים הבעייתיים באזור עקב המגע עם אוכלוסייה עוינת יצרו אתגרים רבים בפיתוח מפעל אספקת המים".
מאגר תרצה בשפך נחל תרצה לנהר הירדן הוא אחד ממאגרי המים החשובים בבקעת הירדן. יפה רזיאל כותבת כי :"מדובר בשלושה סכרים מדורגים ... העליון מבין המאגרים משמש לשיקוע הבוץ והסחף, האמצעי לשאיבה לאחר הגשם והתחתון לתיירות בלבד - כבריכת חורף. מן המאגר האמצעי שואבים את המים למאגר מלאכותי הממוקם על גבעה קרובה, ולמאגר זה מחובר צינור המים של בקעת הירדן, שנועד להשקיית גידולי השדה"[3].
אקלים
האקלים בבקעת הירדן הוא חם מאוד ויבש. קיים בו אפקט מדבר צל גשם, כלומר האוויר המגיע אליו מתחמם במהלך ירידתו לבקע וההרים התוחמים את הבקע מונעים חדירה של אוויר אחר. מבחינת האקלים דרומו של הבקע מהווה למעשה את ההמשך של מדבר יהודה.
הצומח בבקע מחולק לרצועות אורך על פי ההבדלים בסוגי הסלע, האקלים, הגורם האנושי והתבליט של רצועות אלו.
כללית, ככל שהאזור מזרחי יותר, עולה אחוז האלמנטים הסהרו-ערביים ויורד אחוז האלמנטים הים תיכוניים בצמחייה.
מזרחית לשכבות הגיר הקשה מצויות גבעות קירטון נמוכות ומפאת כמות המשקעים הקטנה ( 200-300 מ"מ) נמצא כאן מלחית אשונה ונואית קוצנית, וגם אוכם מדברי. בתוך הערוצים ניתן למצוא מינים נדירם כמו לבנה רפואי בוואדי עוג'ה, ובואדי קיס הנשפך אליו פורחת בתחילת החורף חלמונית גדולה.
מיצג בקעת הירדן ב"מפגש הבקעה"
הבקעה
המישור שבין גבעות הקירטון לבין ביתרונות החואר. חלק ממנו משמש לחקלאות ולמרעה.
מבין היונקים אוכלי העשב ניתן לראות עדרים של צבאים בכל חלקי הבקעה,
וגם הדורבן נפוץ בכל השטח. בגאון הירדן נמצאים גם חזירי בר, במקומות מסולעים מושבות של שפני סלע, וארנבות ישנן באזור כביש אלון ובביצת מלחה.
באזור בקעת הירדן נמצאו מספר אתרים פרה-היסטוריים ובהם אתר מהתקופה הנאוליתית שהתגלה בסמוך לגלגל וכן בסמוך ליריחו, מספר אתרים מהתקופה הכלקוליתית נמצאו בבקעת פצאל וכן מהתקופת הברונזה הקדומה. המחקרים מעידים כי בקעת הירדן הייתה מרכז התיישבותי חשוב והופיעו בה לראשונה טכנולוגיות חדשות כגון הלהב הכנעני וכן קיימת בה עדות לראשית תופעת העיור בארץ ישראל[4].
בספר יהושע מוזכר גלגל כמקום דרכו נכנסו בני ישראל אל ארץ ישראל. במחקרים עדכניים נמצאו מספר אתרים דומים ותכליתם ממשיכה להיחקר. בקעת הירדן מזוהה עם נחלות שבטי יהודה, גד, ראובן, מנשה ובנימין.
בתקופת בית שני נבנו באזור מספר מבצרים-הצפוני והחשוב שבהם הוא מבצר אלכסנדריון בפסגת הסרטבה. במהלך המרד הגדול, לאחר דיכוי המרידה בגליל, הצבא הרומי ערך מסע כיבושים במישור החוף ובהמשך התקדם דרך בקעת הירדן אל פראיה שהייתה ממוקמת בעבר הירדן המזרחי. לאחר כיבוש אזור בקעת הירדן, הכוחות הרומיים נערכו לכיבוש ירושלים, כאשר עדיין נותרו כיסי התנגדות במצדה ובמכוור שהחזיקו מעמד גם לאחר נפילת ירושלים. לאחר דיכוי המרד, הצבא הרומי המשיך להחזיק מחנות באזור בקעת הירדן.
בתקופה הרומית המאוחרת נקשר נהר הירדן עם עליית הנצרות כמקום שבו לפי האמונה הנוצרית פעל יוחנן המטביל. במהלך התקופה המוסלמית המוקדמת בארץ ישראל נכבשה על ידי המוסלמים מידי הביזנטים ומנזרים רבים ננטשו אך בבקעת הירדן חלק מהמנזרים המשיכו לפעול. בניגוד לתקופת שגשוג שהאזור ידע במהלך התקופה המוסלמית, בעקבות קושי של השלטון העות'מאני לשמור על הביטחון באזורי הספר ובשל קרבת הבקעה למדבר, האזור סבל מהזנחה ופשיטות של שבטים נודדים-האחרונה שבהם בקיץ 1947.
במלחמת ששת הימים נכבשה הבקעה על ידי ישראל, והיא הקימה בה יישובים חקלאיים, לפי תוכנית אלון. לאחר המלחמה החל באזור מאבק מתמשך במחבלים פלסטינים שחדרו דרך הגבול עם ירדן, שבעקבותיו הבקעה קיבלה את הכינוי ארץ המרדפים. בעקבות פעילות חטיבת הבקעה ולאחר שהצבא הירדני החל לפעול ביד חזקה כנגד המחבלים, השקט חזר.
בעקבות הסכם אוסלו בשנות ה-90, הוכרזו קרוב ל-90% משטחי הבקעה כאזורים בשליטה ישראלית מלאה (שטחי C). שטחים אלו מהווים כ־40% מכללי שטחי C.
החלק בין נהר הירדן לבין המורדות המזרחיים של יהודה ושומרון נכבש על ידי צה"ל במלחמת ששת הימים, והוקמו בו יישובים חקלאיים על פי "תוכנית אלון" בהתאם לתפיסה הביטחונית שמיקום היישובים הוא שיסמן גבולות בני הגנה ושמקומה הגאוגרפי של ירושלים, על מנת שתתפקד כבירה, במרכז הארץ ולא בגבולה המזרחי. יגאל אלון התווה תוכנית שעל פיה תוקם שדרה כפולה של יישובים בבקעה: קו יישובים אחד יימתח לאורך כביש הבקעה והאחר לאורך ציר שנקרא על שם תוכניתו "כביש אלון" במדרונות מזרח השומרון. התוכנית הביאה להקמת יישובים בעלי אופי חקלאי בבקעת הירדן.
גם האדריכל אברהם וכמן פרסם את אסטרטגיית ההתיישבות בבקעת הירדן שנקראת "תוכנית השדרה הכפולה" והגישה לשר ישראל גלילי. על פי תוכניתו זו בקעת הירדן כלולה בשטח השידרה המזרחית של מדינת ישראל מהחרמון בצפון, דרך בקעת הירדן ועד הערבה, אילת ואופירה.
במרץ 2011 ביקר ראש הממשלהבנימין נתניהו בבקעת הירדן והכריז שבכל הסדר עתידי תהיה נוכחות ישראלית בבקעת הירדן. נתניהו הוסיף ש"קו ההגנה של ישראל מתחיל בבקעת הירדן", אם הקו הזה ייפרץ יהיה ניתן להעביר טילים ליהודה ושומרון ומשם לירות על חיפה ותל אביב[5]. בין 2016 ל-2018 הוקמו בבקעה מספר מאחזים בלתי חוקיים ובהם המאחז בתחומי שמורת הטבע אום זוקא. הקמת המאחזים הבלתי חוקיים הביאה לגידול ניכר במספר העימותים עם פעילי זכויות אדם ולהקמתה של "קואליציית הבקעה".
קצב גידול האוכלוסייה בשנות האלפיים איטי באופן יחסי בשל חוסר הוודאות המדיני אשר לעתיד האזור. עם זאת ניכרת יציבות בגידול היישובים בעיקר בגוש הצפוני - היישובים הדתיים מחולה, שדמות מחולה, חמדת ורותם, לקראת סוף העשור השני של המאה ה-21, קצב גידול האוכלוסייה החל לגדול בקצב מוגבר וב-2021, כמות התושבים חצתה את ה-6,000.
בתקופת השלטון הירדני 1948–1967 יושבו בבקעה עשרות אלפי פליטים פלסטינים. ב-1961 מנתה יריחו 10,441 תושבים, והבקעה כולה 64,000 תושבים, רובם פליטים[7]. במלחמת ששת הימים ברחו עשרות אלפי פלסטינים אל מעבר לנהר הירדן, והבקעה התרוקנה ממרבית תושביה. בין היישובים הפלסטינים בבקעה: יריחו, פארעה אל-ג'יפתליק, עקבת ג'בר, עוג'ה א-תחתא, ברדלה, עין אל-בידה, פסאיל, זובידאת, מרג' נאג'ה, באב אל נקב, אל-עקבה, אבזיק וח'רבת חומסה.
חלקי בקעת הירדן המערבית
בקעת הירדן המערבית שבשלטון ישראל מתחלקת[8] לארבעה חלקים (מצפון לדרום):
לי כהנר, ארנון סופר ויובל כנען, עתיד בקעת הירדן: השארתה בריבונות ישראלית - השיקולים בעד ונגד, הקתדרה לגאואסטרטגיה ע"ש ראובן חייקין, אוניברסיטת חיפה, פברואר 2006