עד שנות ה-90 של המאה ה-20 מרבית הפיגועים שבוצעו בישראל היו כאלה שתכנונם כלל אפשרות נסיגה בטוחה למפגע - הנחת מטעני חבלה עם מנגנון השהיה, פיגועי מיקוח שהשתמשו בבני ערובה כקלף למשא ומתן, פיגועי ירי ממארב עם מסלול נסיגה, וכדומה. יוצא דופן בולט היה הטבח בנמל התעופה לוד בשנת 1972, בו נשלחו מחבלים לביצוע הפעולה מתוך כוונה ברורה שלא ישרדו. לאותה פעולה גויסו מחבלים ממוצא יפני - תרבות בה קיימת מסורת עתיקת יומין של מסירת הנפש למען המטרה.[1]
פיגוע ההתאבדות הראשון נגד אזרחים ישראלים היה הפיגוע בקו 405 ב-6 ביולי1989, בו נרצחו 16 נוסעי אוטובוס "אגד" בקו 405, באמצעות דרדורו לתהום בידי מחבל בסמוך לקריית יערים. הפיגוע הראשון בשנות התשעים של המאה העשרים היה הפיגוע בצומת מחולה, שאירע ביום שישי ה-16 באפריל1993, ליד מפגש מחולה בבקעת הירדן. בפיגוע נרצחו 2 אנשים ונפצעו 5. פיגוע נוסף התרחש ב-4 באוקטובר 1993 עת מכונית פג'ו נצמדה לאוטובוס קו 178 שעצר בתחנה על יד מפקדת המנהל האזרחי סמוך לבית אל והתפוצצה. המחבל נהרג במקום אך 30 מנוסעי האוטובוס נפצעו קל בלבד, ככל הנראה עקב גודלו הקטן של מטען הנפץ. פיגוע התאבדות ראשון בתוך הקו הירוק, פיגוע מכונית התופת בעפולה, נערך ב-6 באפריל1994, ובו נרצחו שמונה אנשים. פיגוע זה אירע ארבעים יום לאחר הטבח במערת המכפלה שביצע ברוך גולדשטיין,[2] ולטענת החמאס, שיזם פיגוע זה והתגלה כמוביל פיגועי ההתאבדות בישראל, הפיגוע היה הראשון בשרשרת פיגועי נקמה על הטבח. יש גם הטוענים[3] כי גל פיגועים זה נועד לסכל את ביצוע הסכם אוסלו הראשון ב-13 בספטמבר 1993, בשל הרצון של חמאס לטרפד את ההסכמים שנתפסו בעיניו כמזימה משותפת של אש"ף וישראל לפגוע במעמד תנועת ההתנגדות האסלאמית (חמאס) ובהתפתחותה.
במשך שלוש שנים, במהלך מרבית כהונתם של בנימין נתניהו ושל אהוד ברק כראשי ממשלה, מאוקטובר 1997 (אחרי שחרור אחמד יאסין) ועד דצמבר 2000, התמעטו פיגועי ההתאבדות בישראל.
גל ראשון של פיגועי התאבדות התרחש בישראל בשנות ה-90. בין השנים 1993 ל-1999 התבצעו 23 פיגועי התאבדות שגבו את חייהם של 165 בני אדם. גל שני של פיגועי ההתאבדות בישראל שהיה חמור מהראשון בהקפו ועוצמתו, החל בשנת 2000 והסתיים בשנת 2009 למעט הפיגוע בקו 12 ב-2016. בין השנים הללו התבצעו לפי נתוני השב"כ 146 פיגועי התאבדות שגבו את חייהם של 557 בני אדם, כאשר רובם התבצעו בין השנים 2001 ל-2003. שנת השיא הייתה שנת 2002 עם 53 פיגועי התאבדות.[4]
פיגועי ההתאבדות התחדשו כשלושה חודשים אחרי פרוץ האינתיפאדה השנייה, והחל מהפיגוע בדולפינריום ביוני 2001, בעת כהונת ממשלת האחדות בראשות אריאל שרון, הפכו מבחינתו של רוב הציבור הישראלי למאפיין העיקרי של האינתיפדה השנייה. בשנים 2000–2005 בוצעו בישראל עשרות פיגועי התאבדות. על פי נתוני המרכז למורשת המודיעין במשך חמש שנות העימות בוצעו 144 פיגועי התאבדות בידי 161 מחבלים מתאבדים שגרמו ל-515 ישראלים הרוגים ולפציעת 3,428.[5] דוברי החמאס הסבירו את בחירתם בפיגועי התאבדות בכך שמבחינתם זוהי דרך ליצור מאזן אימה עם ישראל, והודיעו שאם ישראל תפסיק לפגוע באזרחים פלסטינים גם הם יפסיקו לפגוע באזרחים ישראלים. בעקבות הפיגוע בליל הסדר במלון פארק פתחה ישראל במבצע חומת מגן.
המאמצים הרבים של מערכת הביטחון בישראל להילחם בשיטת טרור זו לא הצליחו למגר אותה לחלוטין בהתחלה, הן בגלל הקושי לאתר ולעצור מתאבדים בודדים, והן בגלל התמיכה לה זוכה טרור זה ברחוב הפלסטיני, בקרב המנהיגות הפלסטינית ובקרב אנשי הדת הערביים. הצעדים שנקטה מערכת הביטחון - מעצרים, מחסומי קבע, פרישת מחסומי פתע, פיצוץ מעבדות נפץ, שליטה מודיעינית של השב"כ על השטח, הריסת מבני טרור, הריסת בתי מחבלים וסיכולים ממוקדים - גרמו לירידה חדה בכמות פיגועי ההתאבדות המוצלחים. בנוסף לפעולות התקפיות נגד ארגוני הטרור, מקימה ישראל גדר הפרדה שנועדה לחסום מעבר מחבלים לישראל. בעקבות מבצע חומת מגן, מבצע דרך נחושה, הקמת גדר ההפרדה ופעילות אינטנסיבית של לוחמה בטרור מוגר הטרור ביהודה ושומרון כמעט לחלוטין, ובעקבותיו ירד מספר פיגועי ההתאבדות כמעט לאפס.
מנתונים שנאספו עד אפריל 2002, בקרב טרור המתאבדים בלט גילם הצעיר, 100 היו בני 17-23, 46 נמנו עם קבוצת הגיל 24–30 ורק שלושה היו מעל גיל 48. רובם המכריע רווקים, ורק 19 נשואים. ברחוב הפלסטיני קיימת התנגדות בציבור הפלסטיני לשגר אנשים נשואים אל מותם. חלקם של בעלי ההשכלה בולט בקרב המתאבדים בעיקר בתקופת אינתיפאדת אל-אקצה. 53 מ–149 היו בעלי השכלה גבוהה ו-56 היו בעלי השכלה תיכונית. זאת כיוון שרבים מהם גויסו על ידי חמאס מאוניברסיטת א-נג'אח בשכם ומהאוניברסיטה האיסלאמית בעזה. 88 מהמתאבדים התגוררו ביהודה ושומרון, 52 ברצועת עזה,7 ממזרח ירושלים ו"הקו הירוק" ו-2 מירדן.[6]
חלק גדול מפיגועי התאבדות נעשה על ידי פלגים איסלמיסטיים קיצוניים. אך השריעה האסלאמית אוסרת את ההתאבדות, ודינם של המתאבדים הוא גיהנום. את האישור ההלכתי להתאבד בפיגוע, קיבלו פוסקים בכירים. במרץ 1996 התיר בכיר הפוסקים הסונים, יוסוף אל-קרדאווי, פיגועי התאבדות בקרב אוכלוסייה אזרחית בארץ ישראל.[7] הוא ראה במבצעי הפיגועים כשהידים, מי שמקריבים למען דתם ואומתם במלחמת ג'יהאד, ולא כמתאבדים. קרדאווי נתן היתר זה באופן בלעדי לפלסטינים. בשנת 2015 פסק כי גם לפלסטינים אסור לבצע התאבדות, כיוון ששמו ידם על רקטות שמגיעות לעומק ישראל.[8]