בשנת תש"ז עבר לבני ברק, על פי הצעתו של החזון איש והזמנתו של יעקב הלפרין מייסד שכונת זכרון מאיר (שנקראה על שם רבו רבי מאיר שפירא), שישמש כרב השכונה, שם גם הקים את "ישיבת חכמי לובלין" לזכר הישיבה שבה למד. במבנה סמוך לישיבה הקים את בית דין צדק זכרון מאיר. בשנותיו הראשונות בבני ברק כיהן גם כרבם של קהילות חוג חת"ם סופר בבני ברק ובפתח תקוה וכן שימש כרב ההכשר של חוג חתם סופר, במסגרת זו היה אומר שם שעור אחד בימות החול ואחד ביום השבת[16]. אחר כך מינה את רבי יצחק שלמה אונגר במקומו[17].
הרב וואזנר היה הפוסק הבולט ביותר בקרב הציבור החסידי, ואחד מן הפוסקים הבולטים בציבור החרדי בכלל. חלק ניכר ממורי ההוראה בני ברק בפרט ובארץ בכלל עשו שימוש חכמים אצלו[27].
בספריו, שאלות ותשובות שבט הלוי, הוא דן בשאלות רבות שהתעוררו עקב הקדמה הטכנולוגית, כגון עין אלקטרונית המצלמת או מדליקה אור בעת תזוזה בשבת וכן בעיית הקלנועית בשבת. הוא התנגד לשימוש במעלית שבת[28], ובשל כך תיקן כי אין לבנות בנייני מגורים רבי קומות בבני ברק (מעל ל-7 קומות).
אף שראה עצמו תלמיד של החזון איש, בסוגיית היחס אל החילונים עמדתו ההלכתית נוקשה יותר מזו של החזון איש (הרואה אותם כתינוקות שנשבו)[30].
תמך בהקמת מכון משמרת הסת"ם שמשתמשת בהגהתסת"ם על ידי בדיקת מחשב.[31] בדומה לפוסקים רבים אחרים, פסק שרק כשהלב מפסיק לפעום נחשב כמוות[32]. התיר לוועדת מהדריןתנובה לסמוך על מצלמה אוטומטית במקום השגחה אנושית על תהליך החליבה[33] אמנם בהסכמתו לספר 'שאילת משה' של הרב משה שאול קליין הסתייג מכך[34].
הוא נהג למסור שיעור הלכה מדי יום חמישי, שבו השתתפו תלמידי חכמים בולטים. שיעורים אלו נדפסו לימים בספר "שיעורי שבט הלוי" על הלכות נדה ועוד. מסר מדי שבת שיעור בספר החינוך.
הרב וואזנר מסר שיעורים עד לשנתו האחרונה, בישיבה מסר מדי יום שיעור בשולחן ערוך ושעור בספרי מוסר, ומספר פעמים בשבוע גם שיעור עיוני בגמרא. וביום שישי שעור חומש ורש"י. מבין תקנותיו בישיבה ייסד סדר אשמורת הבוקר[35] כמו כן אסר על הבחורים להחזיק פלאפון[36][37].
הרב וואזנר מיעט לעסוק בפומבי בנושאים פוליטיים, והתמקד בפסיקת הלכה. יחסו למדינת ישראל היה אמביוולנטי. הוא לא השתתף בבחירות לכנסת אם כי גם לא קבע שיש בכך איסור, ורבים מתלמידיו אינם מקפידים על כך. כמו כן לא הלך לכותל המערבי (ויתכן שנהג כך מחמת הוראת רבי יואל מסאטמר), אך הורה לתלמידיו שאין שום מניעה ללכת לשם. הוא הצביע בבחירות לעיריית בני ברק, וגם הורה להצביע בבחירות החוזרות לעיריית בית שמש בשנת תשע"ד[38]. ישיבתו נטלה תקציבים ממשלתיים.
הוא, ובעיקר כמה מבני משפחתו, מקורבים לחוגי חסידות סאטמר. היה בין הרבנים שרבי יואל טייטלבוים שלח להם את ספרו "ויואל משה" לפני הוצאתו, ולבקשתו השמיט הרבי מסאטמאר את שמות האנשים והקהילות שהוא כותב נגדם[39][40]. בספר 'ילקוט אמרים ויואל משה' (המהווה קיצור של ספר 'ויואל משה') מופיעה הסכמתו.
לאחר מלחמת ששת הימים התנגד לקיום עצרת הודאה על הניצחון במלחמה וטען שזה יגרום להערצה לאישי הציונות החילוניים, והורה לקרוא למעמד 'עצרת התעוררות'[41].
בשנים תשכ"ד ותשכ"ט, בעקבות ניסיון של משרד הדתות להקים בבני ברק מועצה דתית, התנגד לרעיון בשיתוף עם רבני העיר תוך הטלת איסור על כל שיתוף פעולה או קבלת טובות הנאה מהמועצה[42][43][44].
לאחר פטירת רבה של בני ברק רבי יעקב לנדא, הועלתה הצעה על ידי הרב שך שהרב וואזנר יקבל את התפקיד כמועמד מוסכם הן על החסידים והן על הליטאים, אך הוא תמך במינוי רבי משה יהודא ליב לנדא בנו של הרב המנוח, על אף התנגדות הרב שך לבחירתו[45][46]. בעקבות זאת, הורה הרב שך לתלמידיו, ובראשם הרב משה מרדכי שולזינגר והרב מרדכי גרוס שאף הוציא את ספרי השיעורים של הרב וואזנר, להפסיק להיכנס לשיעוריו של הרב וואזנר בהלכות טהרה[דרוש מקור]. לאחר מספר שנים יושרו ההדורים וגם תלמידי הרב שך חזרו להשתתף בשיעורים.
בשנת תשמ"ב, לאחר דברי האדמו"ר מבעלז נגד הרבי מסאטאמר, כתב מכתב מחאה נגדו ומשך שנים שררה מתיחות בינו לבין בעלז, אך בהמשך השלים עימו[47][48].
בשנת תשע"א חתם על מכתב מחאה חריפה נגד גיורי צה"ל יחד עם רבנים נוספים[50] ופעל רבות בנושא, ואף הסביר להגר"ע יוסף את עמדת העדה החרדית[51], ובעקבות כך פרסם הגר"ע יוסף מכתב המבהיר כי התכוון להכשיר רק את מי שקיבלו על עצמם שמירת מצוות[52][53].
התיר לימודי מקצוע לצורך פרנסה[54]. בשנת תשנ"ט קיבלו מנהלי המרכז החרדי להכשרה מקצועית מכתב תמיכה מהרבנים יוסף ישראלזון, מרדכי שלמה שטיינמץ ושמואל אליעזר שטרן (לאחר שנועצו בהרב ואזנר וברבנים נוספים), התומך בהפעלת לימודים לגברים לתואר באישור המל"ג למקצועות המחשב, חשבונאות ומינהל, בתנאי שלא ישולבו בהם תכנים של הגות ומחשבה "או כל לימוד שיש בו נגיעה לאפיקורסות"[55][56].
בשנת תשס"ו פרסם מכתב האוסר לקיים שמחת בית השואבה ברחובה של עיר, שכן הדבר גורר פרצות של תערובת והם מהווים סכנה רוחנית"[57][58].
בשנת תשע"ב, במעמד כינוס בארצות הברית נגד אינטרנט פרוץ, נשא דברים מביתו בשידור חי, במהלכם אסר להכניס מחשב הביתה גם לצורכי עבודה (וגם אם יש בו רק אינטרנט מסונן), ואסר להיכנס לבית שיש בו אינטרנט לא מסונן. כן הוסיף כי על מוסדות הלימוד לסלק משורותיהן ילד החשוף בביתו לאינטרנט פרוץ. הוא הדגיש כי דבריו הינן מעיקר הדין[59]. לאחר מספר ימים פורסמה הודעה בחתימתו, בו מיתן את דבריו לגבי איסור השימוש בבית במחשב מסונן לצורכי עבודה, והשתמש בנוסח של "יש להימנע". יש טוענים כי הדבר נעשה עקב לחץ כבד שהופעל עליו[60]. כן פסק שהמחזיק אינטרנט לא מסונן פסול לעדות[61][62].
כממלא מקומו מונה בנו הגדול הרב חיים מאיר וואזנר. וכשנה לאחר מכן הגיע גם נכדו הרב יוסף בנימין, ששימש עד אז כרב בקהילת סאטמאר לונדון, לסייע לאביו בהנהגת הישיבה.
האסון בהלוויה
במהלך ההלוויה, כשהוצאה המיטה מהיכל הישיבה דרך גרם מדרגות שעליו הצטופף קהל גדול, נפלו רבים במורד המדרגות. כתוצאה מהדוחק הרב נפצעו כ-90 איש בדרגות פציעה שונות, מתוכם שלושה באורח אנוש, בהם תלמידו של הרב וואזנר, מרדכי גרבר, שנפטר לאחר כמה שעות[79] והבחור החתן יצחק סמט חסיד תולדות אהרן שנפטר לאחר שלשה ימים[80].
המשטרה פתחה בחקירת האירוע, ממנה עלה כי במהלך הוצאת המיטה של הרב וואזנר, הופעל לחץ על העומדים במדרגות הישיבה שנפלו ונרמסו על ידי ההמון שליווה את המיטה. עם זאת התעורר חשד כי ליקויים בנהלי הבטיחות בהלוויה הם שגרמו לאסון[81][82].
הרב וואזנר הוציא ספרי שו"ת שלו. בשנת תשנ"ט הוקם מכון "מעיינות הלוי",שעומד בראשות הרב שלמה טרייטל המכון המופקד על ההוצאה לאור של כל תורתו. במכון גם ספריית קלטות ובה כחמשת אלפים שיעורים, וחומר מגוון בכתב יד.
שו"ת שביבי הלוי - בני ברק תשע"ה, תשובות לרב שמואל אליעזר שטרן
רחמי הרב - בענייני מוסר ועבודת ה', מכון "והפצת", תשע"ה
הליכות שבט הלוי - פסקים ומנהגים, בהוצאת נינו הרב אברהם אליהו וואזנר, תשע"ו
הגדת שבט הלוי - הגדה של פסח, תשע"ו
על ישראל גדולתו - אוסף ההספדים שנאמרו עליו, ומצורף מגילת הימים והצוואה שכתב בעצמו בשנת תשע"ו
ספר תהילים - שבט הלוי תשע"ט (950 עמ')
שעורי שבט הלוי - מקואות, ניסן תש"פ
אוצרות שבט הלוי - תפילה, ניסן תשפ"א
אוצרות שבט הלוי הוראות והנהגות על ד' חלקי שו"ע על ידי הרב שלמה יצחק שטרן
צאצאיו
הרב חיים מאיר וואזנר - גאב"ד זכרון מאיר, ראש ישיבת חכמי לובלין ובעל מחשבת הלוי. בעבר כיהן כרב קהל חסידי סאטמאר (שני הפלגים יחד) בלונדון. בשנת תשס"ט עבר לגור לצד אביו כדי לסייע לו בהנהגת הישיבה וקהילות שבט הלוי. לאחר פטירת אביו, התמנה ליורשו בכל תפקידיו.
בנו הרב יוסף בנימין וואזנר. כיהן כרב קהילות החסידים באלעד ורב קהילת סאטמר בלונדון. ממלא את מקום אביו וסביו בהנהגה.
חתנו הרב מרדכי גלבר, רב ומו"ץ בבני ברק ורב קהילת מונקאטש בני ברק.
יוסף צבי - איש עסקים, מתגורר בבורו פארק
הרב בן ציון יעקב - חסיד גור, רב ביהמ"ד "שבט הלוי - בני יעקב" ברמת בית שמש א'. לפני כן כיהן במונסי. חיבר ספר "בני יעקב" על עירובין.
משה יהודה, ויליאמסבורג ניו יורק. נפטר בשנת תש"פ מנגיף הקורונה[83]