נגיף RNA
 נגיף RNA
| |
|---|---|
| מיון מדעי |
נגיפי RNA הם נגיפים שהגנום שלהם מבוסס RNA. בדרך כלל הגנום עשוי RNA חד-גדילי (ssRNA), אך בנגיפים שונים RNA דו-גדילי (dsRNA).[1] מחלות בולטות באדם נגרמות על ידי נגיפי RNA, כדוגמת הצטננות, שפעת, אדמת, חצבת, הפטיטיס C, הפטיטיס E, מחלות נגיפי קורונה (כדוגמת סארס), כלבת, קדחת מערב הנילוס, שיתוק ילדים ומחלת נגיף אבולה.
הוועדה הבין-לאומית לטקסונומיה של נגיפים מסווגת כנגיפי RNA את הנגיפים המשתייכים לקבוצה III, קבוצה IV, וקבוצה V בסיווג בולטימור, ולא מחשיבה רטרו-וירוסים כנגיפי RNA, אף על פי שגם להם גנום RNA מפני שבמהלך ההכפלה שלהם מתבצע שעתוק לאחור ל-DNA.[2] מונח מקביל לקבוצה נגיפית זו, שממעט במפורש את הרטרו-וירוסים הוא ריבו-וירוסים (ribovirus).[3] וירואידים ונגיפי לווייניים, קרובים לנגיפי ה-RNA, אך אינם נחשבים לחלק מקבוצת נגיפי ה-RNA.
מאפיינים
נגיפי RNA חד-גדילי
ערכים מורחבים – נגיף RNA חד-גדילי חיובי, נגיף RNA חד-גדילי שלילי
ניתן לחלק נגיפי RNA החד-גדילי על פי קריאוּת הגדיל (Sense), לנגיפי RNA בעלי גדיל בודד חיובי (ssRNA+), ולנגיפי RNA בעלי גדיל בודד שלילי (ssRNA-). גדיל RNA עם קריאות חיובית דומה ל-RNA-שליח ויכול להיות מתורגם ישירות לחלבון על ידי התא הפונדקאי. לעומת זאת, RNA בעל קריאות שלילית אינו יכול להיתרגם ישירות ונצרכת יצירת RNA קריא על ידי RNA רפליקאז לפני התרגום לחלבון. לכן החדרת RNA נקי של נגיף עם קריאות חיובית לתאים עשוי לגרום להדבקה, אם כי אולי יהיה מידבק פחות ביחס לחדירת נגיף שלם, ואילו החדרת RNA נקי של נגיף עם קריאות שלילית אינה מידבקת כשלעצמה. אצל נגיפי ambisense-RNA (דו-קריאות) חלק מהגנום עם קריאות חיובית ועשוי להיות מתורגם ישירות, וחלק עם קריאות שלילית וזקוק ל-RNA רפליקאז שייצר את הגדיל הקריא המקביל.[4]
נגיפי RNA דו-גדילי
- ערך מורחב – נגיפי RNA דו-גדילי
נגיפי RNA דו-גדילי משתייכים לקבוצה מגוונת של נגיפים שלה מנעד רחב של מאכסנים (בעלי חיים ובכללם האדם, צמחים, פטריות וחיידקים), של מספר מקעי הגנום (1–12), ומבני הוויריון. כמה מחברי הקבוצה, ובכללם ה-Rotavirus, ידועים כגורמים השכיחים ביותר לדלקות קיבה ומעיים בילדים קטנים. ו-Picobirnavirus כנגיף השכיח ביותר בצואת אדם ובעלי חיים ללא סימני שלשול. נגיפי Bluetongue הוא פתולוג בעל משמעות כלכלית גדולה בבקר ובצאן. בשנים האחרונות נעשתה התקדמות גדולה בהבנת המבנה המולקלורי של חלבוני מפתח של קפסיד הוויריון בנגיפים דו-גדיליים, ומצאו תכונות מבניות משותפות בתהליך ההכפלה של נגיפים רבים מקבוצה זו.[5]
קצב מוטציות
באופן כללי, לנגיפי RNA יש קצב מוטציות גבוה ביחס לנגיפי DNA.[6] משום שלפולימראזות RNA אין יכולת הגהה (proofreading) שלא כמו נגיפי DNA.[7] זו אחת הסיבות לכך שקשה ליצור חיסונים למחלות הנגרמות על ידי נגיפי RNA.[8] גם לרטרו-וירוסים יש קצב מוטציות גבוה, אף על פי שיש להם DNA כחומר ביניים, משום ששגיאות הנוצרות במהלך השעתוק לאחור, נכנסות לשני גדילי ה-DNA עוד לפני שעובר אינטגרציה לגנום המאכסן. לכמה מהגנים בנגיפי RNA יש תפקיד קריטי בתהליך ההכפלה, ומוטציות בהן לא יאפשרו הכפלה תקינה, ולכן רצפים אלה בגנום שמורים יחסית.
הכפלה
נגיפי RNA דו-גדילי מכילים 1–1 מקטעי RNA, שכל אחד מהם מקודד לחלבון נגיפי אחד או יותר. בנגיפי RNA חד-גדילי חיובי, הגנום עובר בריבוזום התאי תרגום ישיר לחלבון בודד שביחד עם חלבונים תאיים ונגיפיים יוצר מגוון חלבונים הנחוצים להכפלה. אחד מחלבונים אלה הוא RNA רפליקאז שמשכפל את ה-RNA הנגיפי ויוצר מבנה דו-גדילי שמביא ליצירת עותק חדש של הגנום הנגיפי. נגיפי RNA שלילי, זקוקים ל-RNA רפלקאז כדי להיתרגם לחלבון, ולכן RNA רפליקאז חייב להיות כלול בוויריון החודר למאכסן. ה-RNA רפלקיאז יוצר גדיל קריא, שמתורגם לחלבונים בריבוזום של התא המאכסן. רטורו-וירוסים, שלהם גנום RNA חד-גדילי, אף שנהוג לא לסווגם כנגיפי RNA, מכפלים באמצעות ריברס-טרנסקריפטאז, המבצע שעתוק לאחור, ויוצר עותק DNA דו-גדילי שעובר אינטגרציה לגנום המאכסן באמצעות החלבון הנגיפי, אינטגראז, ביטוי של הגנים המקודדים נחוץ ליצירת ויריון חדש.
מיון
מיון וסיווג נגיפי RNA מהווה בעיה קשה, בין השאר בגלל קצב המוטציות הגבוה. מיון בסיסי נעשה על בסיס סוג גנום (דו-גדילי, חד-גדילי חיובי, חד-גדילי שלילי), מספר הגנים, וארגון הנגיף. כיום מוכרות 5 סדרות ו-47 משפחות של נגיפי RNA. יש גם סוגים ומינים רבים של נגיפי RNA שאינם מסווגים למשפחות ולסדרות. מחקר של אלפי נגיפי RNA הראה על לפחות 5 קבוצות עיקריות:
- קבוצת levivirus (אנ') ונגיפים קרובים.
- על-קבוצה: picornavirus (אנ')
- על-קבוצה: alphavirus (אנ') + נגיפי flavivirus (אנ') הנותרים
- נגיפי RNA דו-גדילי
- נגיפי RNA חד-גדילי שלילי
גלריה
_EM_PHIL_2175_lores.jpg)
ראו גם
קישורים חיצוניים
הערות שוליים
- ^ Patton JT (editor). (2008). Segmented Double-stranded RNA Viruses: Structure and Molecular Biology. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-21-9.
{{cite book}}:|author=has generic name (עזרה) - ^ "Listing in Taxonomic Order – Index to ICTV Species Lists". נבדק ב-2008-04-11.
- ^ "Mutation rates among RNA viruses". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (24): 13910–13.
- ^ PMID 12782362
- ^ Patton JT (editor). (2008). Segmented Double-stranded RNA Viruses: Structure and Molecular Biology. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-21-9.
{{cite book}}:|author=has generic name (עזרה) - ^ >Sanjuan, R.; Nebot, M. R.; Chirico, N.; Mansky, L. M.; Belshaw, R. (2010). "Viral Mutation Rates". Journal of Virology. 84 (19): 9733–48. doi:10.1128/JVI.00694-10. ISSN 0022-538X. PMC 2937809. PMID 20660197.
- ^ Klein, Donald W.; Prescott, Lansing M.; Harley, John (1993). Microbiology. Dubuque, Iowa: Wm. C. Brown. ISBN 978-0-697-01372-9.
- ^ Steinhauer DA, Holland JJ (1987). "Rapid evolution of RNA viruses". Annu. Rev. Microbiol. 41: 409–33. doi:10.1146/annurev.mi.41.100187.002205. PMID 3318675.
{{cite journal}}: תחזוקה - ציטוט: שימוש בפרמטר authors (link)
הבהרה: המידע במכלול נועד להעשרה בלבד ואינו מהווה יעוץ רפואי.
32651422נגיף RNA