שניים מרמטכ"ליצה"ל הראשונים עסקו בארכאולוגיה. הראשון היה יגאל ידין, שלאחר פרישתו מן הצבא הקדיש עצמו למחקר אקדמי, ואף זכה בפרס ישראל. ידין ניהל חפירות באתרים החשובים ביותר - תל חצור, מערות נחל חבר, מצדה, ותל מגידו. אחת מגולות הכותרת של עבודתו המדעית היה פרסום "מגילת המקדש". השני היה משה דיין, שלא היה בעל השכלה אקדמית בארכאולוגיה, וערך חפירות ארכאולוגיות בלתי חוקיות, בעודו במדים. תחביב זה הביא כמעט למותו, כאשר במרץ 1968 התמוטטה חפירה ארכאולוגית בעת ששהה בה, והוא נקבר תחתיה ואך בנס ניצל ממוות. במרץ 1965 הוגשה כנגדו תלונה למשטרה, ואף הוזמן לגביית עדות בתחנת המשטרה, אך הגיע לבסוף להסדר עם ראשי אגף העתיקות והמוזיאונים אשר מנע את העמדתו לדין.
