SNP
SNP (Single Nucleotide Polymorphism, רב צורניות של נוקלאוטיד בודד, מכונה גם סניפּ) הוא וריאציה של רצף הדנ"א המתרחשת כאשר נוקלאוטיד יחיד A,T,C,G בגנום נבדל בין פרטים במינים ביולוגים או בין כרומוזומים הומולוגים באדם. למשל, עבור שני מקטעי דנ"א בשני פרטים שונים, AAGCCTA מול AAGCTTA, מכיל שינוי בנוקלאוטיד יחיד (באזור המסומן), כלומר SNP. במקרה זה נאמר כי קיימים שני אללים, כמעט לכל הסניפּים הנפוצים יש שני אללים בלבד. ההתפלגות הגנומית של הסניפּ אינה הומוגנית. בדרך כלל סניפּים מופיעים באזורים לא מקודדים בתדירות גבוהה יותר מאשר באזורים המקודדים, באופן כללי, באזורים מקודדים שינויים אלו יעברו סלקציה חזקה יותר ויתקבעו פחות בדנ"א. פקטורים נוספים כגון רקומבינציה גנטית ואחוז מוטציות יכולים גם כן להשפיע על תדירות הסניפּים.
ניתן לנבא את תדירות הסניפּים באמצעות נוכחות מיקרוסטלייטים (Microsatellite, רצפים חוזרים קצרים) במיוחד באמצעות רצפי AT, חזרות רבות של AT יכולות לנבא תדירות נמוכה של סניפּים.
שונות בין אוכלוסיות האנשים בעולם נגרמת בין היתר על ידי סניפּים. סניפּים אלו יכולים להיות נפוצים באזור גאוגרפי מסוים או בקבוצות אתניות מסוימות, ואילו נדירים באוכלוסיות אחרות. שינויים גנטיים אלו בין פרטים (במיוחד באזורים לא מקודדים בגנום) מנוצלים לצורך DNA fingerprinting בביצוע זיהוי פלילי. בנוסף, שינויים גנטיים אלו יכולים להוות בסיס לשוני ברגישות למחלות. חומרת המחלה והדרך בה הגוף מגיב לטיפולים מעידים על שוני גנטי. לדוגמה, סניפּ בגן APOE עשוי להעיד על סבירות גבוהה יותר למחלת האלצהיימר.
סוגים
סניפים יכולים להתרחש באזורים מקודדים בגנום, באזורים לא מקודדים, ובאזורים בין גנים. סניפים ברצפים מקודדים לא בהכרח ישנו את רצף חומצת האמינו בחלבון שנוצר מכיוון שקיימים מספר רצפים שיוצרים את אותה חומצת האמינו.
ניתן לחלק את הסניפים באזורים המקודדים לשני סוגים לפי סוג המוטציה שהם יוצרים: סניפים היוצרים מוטציות שקטות (synonymous) וכאלו שיוצרים מוטציות לא שקטות (nonsynonymous). סניפים שיוצרים מוטציות שקטות לא ישפיעו על רצף החלבון, בעוד שהלא שקטים ישנו את חומצת האמינו בחלבון. סניפים לא שקטים נחלקים גם הם לשני סוגים: missense ו- nonsense.
סניפים באזורים לא מקודדים יכולים עדיין להשפיע על שחבור (splicing) של גנים, חיבור של פקטורי תרגום (transcription factor), פרוק רנ"א שליח (mRNA) והשפעה על אזורי רנ"א לא מקודדים. סניפים אלו הפוגעים בביטוי נקראים eSNP ויכולים להיות upstream או downstream לגן.
שימוש וחשיבות
סניפים, שינויים ברצפי DNA באדם, יכולים להשפיע על האופן של האדם לפתח מחלות ולהגיב לפתוגנים, כימיקלים, תרופות, חיסונים וסיכונים אחרים. בנוסף, לסניפים חשיבות ברפואה המותאמת אישית. עם זאת, חשיבותם העיקרית במחקר הביו-רפואי היא לצורך השוואת אזורים גנומיים בין קבוצות (למשל בין חולים ובריאים) ושימוש בנתונים אלו עבור Genome-wide association study. מחקר הסניפים בעל חשיבות גם בתחום היבול ובגידול בעלי חיים.
לסניפים בדרך כלל יש שני אללים ולכן אפשר לעשות עליהם בדיקות מעבדה בקלות. סניפ אחד יכול לגרום למחלה שמועברת בתורשה מנדלית. עבור מחלות מורכבות בדרך כלל המחלה נובעת כתוצאה מצירוף בין כמה סניפים, למשל כמו אוסטיאופורוזיס.
ב-26 ביוני 2012, dbSNP רשמו 53,558,214 סניפים באדם.
סניפים יכולים לשמש כמרקרים במיפוי גנטי. הידע על הסניפים עוזר בהבנת פרמקוקינטיקה (השפעת הגוף על התרופות) ופרמוקודינמיקה (השפעת התרופות על הגוף). מגוון רחב של מחלות בבני אדם, כגון סרטן, מחלות זיהומיות (איידס, צרעת, צהבת וכדומה), אנמיה אוטואימונית, אנמיה חרמשית, תלסמיה β וסיסטיק פיברוזיס עלולות להיגרם כתוצאה מסניפים. בנוסף, סניפים יכולים להשפיע על מטבוליזם של תרופות שונות.
קישורים חיצוניים
