Entrez

Entrez (מבוטא ɒnˈtreɪ) הוא מנוע חיפוש ושליפה אינטרנטי המאפשר למשתמשים לחפש במסדי נתונים רבים מתחומי הבריאות השונים השייכים למרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגי - ה-NCBI. משמעות השם היא ברכה בצרפתית המזמינה אדם להיכנס, נבחר כדי לשקף את רוח קבלת הפנים המזמינה את הציבור הרחב להשתמש בתכני המאגרים.

מנוע החיפוש המספק גישה לכל מסדי הנתונים במקביל וממשק משתמש אחד. Entrez יכולה שולפת ביעילות רצפים (של DNA, RNA וחלבונים), מבנים והפניות רלוונטיות. המערכת מספקת תצוגות של רצפי גנים, חלבונים ומפות של כרומוזומים. ישנם ספרי לימוד זמינים גם באופן מקוון דרך מערכת זו.

היסטוריה

בשנת 1991 Entrez הושק על דיסק.^[^{דרוש מקור]} בשנת 1993 היה ניתן לגשת לגרסה אינטרנטית באמצעות שרת, וב-1994 הושק אתר האינטרנט.

מאפיינים

העמוד הראשי של Entrez מספק כברירת מחדל גישה לשאילתה הגלובלית, המחפשת בכלל מאגרי המידע הזמינים. ניתן להיעזר בשאילתה בקשרים לוגיים, ובנוסף ניתן להגביל את מרכיבי החיפוש השונים לשדות מסוימים. דף התוצאות מציג את התוצאות הרלוונטיות ביותר מתוך המאגרים עצמם, וכן רשימת המאגרים ומספר ההתאמות לחיפוש בכל אחד ממאגרי המידע, המהווים קישור לתוצאות החיפוש בפועל עבור כל מאגר.

ל-Entrez ממשק דומה לחיפוש בכל מאגר בפני עצמו. בכל מאגר ניתן להשתמש בשדות חיפוש ייעודיים, כגון הגבלת אורך הרצף המבוקש במאגר הנוקליאוטידים. במאגרים אלו ניתן להשתמש באפשרות החיפוש המתקדם, ולבנות שאילתות בצורה אינטראקטיבית. בעמוד זה ניתן גם לצפות בהיסטורית החיפושים, המוצגת כטבלה עם שאילתת החיפוש, מספר התוצאות ותאריך החיפוש. בנוסף, ניתן להוסיף את החיפוש להיסטוריה מבלי להיכנס לתוצאות עצמן. את התוצאות ניתן לייצא כקובץ, או להעתיק ללוח העתקה. ניתן לייצר התראה לדואר האלקטרוני אם נוסף למאגר פריט חדש המתאים לשאילתה המבוקשת. כלי זה נמצא בשימוש נרחב בכל תחומי הביולוגיה ככלי עזר לסטודנטים ולאנשי מקצוע כאחד.

מאגרי מידע כלולים

המאגרים הכלולים מחולקים לשש קטגוריות^[1]:

ספרות:
- מדף ספרים (Bookshelf) - מאגר ספרי לימוד.
- MeSH - ראשי תיבות של Medical Subject Headings (כותרת נושא רפואית). מאגר של אוצר מילים נרדפות בתחומים הרלוונטיים.
- קטלוג NLM - קטלוג של כתבי עת, ספרים, תוכנות, עזרים קוליים ועוד השייך לספרייה הלאומית לרפואה של ארצות הברית.
- PubMed - המאגר מכיל רישום ביבליוגרפי של רובם הגדול של המאמרים המדעיים בתחומי מדעי הרפואה והמקצועות הפרא-רפואיים שפורסמו החל משנות החמישים של המאה העשרים ולעיתים גם מאמרים ישנים יותר, בכל השפות. רוב הרשומות מכילות את תקציר המאמר, וכן הפניות לטקסט מלא של המאמרים במאגר ה-PMC או באתרים חיצוניים.
- PMC - מאגר המכיל מאמרים בגישה חינמית.
גנים:
- גנים - מאגר מידע המכיל מידע על גנים.
- נתוני GEO - נתונים של ניסויים רחבי היקף.
- פרופילי GEO - רמות וצורות ביטוי של גנים מניסויים רחבי היקף.
- HomoloGene - מאגר על קבוצות המולוגיה איקריוטיות.
- PopSet - נתונים ממחקרים שנעשו ברמת האוכלוסייה (population set).
חלבונים:
- דומיינים שמורים - מאגר הכולל אזורים שמורים בין חלבונים שונים.
- קבוצות חלבון זהות
- חלבון - מאגר רצפי חלבונים.
- משפחות חלבונים - מאגר משפחות חלבונים.
- מבני חלבון - מאגר מבני חלבון.
גנומים:
- גרסאות גנום - מאגר המפרט את גרסאות הגנום לכל היצורים בעלי גנום מפוענח.
- BioCollections -
- BioProjects -
- BioSampls -
- גנום - ריצופי גנומים ומפות שלהם.
- נוקליאוטידים - מאגר רצפי נוקליאוטידים (DNA ו-RNA).
- SRA (Sequence read archive) - מאגר ריצופים מניסויים רחבי היקף שהופקדו על ידי חוקרים.
- טקסונומיה - מאגר המכיל טקסונומיה.
קליני:
- ClinicalTrials.gov - מאגר ניסויים קליניים.
- ClinVar - מאגר המכיל מידע על שינויים גנטיים ואת מעורבותם במחלות.
- dbGaP (Database of Genotypes and Phenotypes) - תוצאות מחקרים הקושרים פנוטיפ לגנוטיפ.
- dbSNP - מאגר המכיל SNP.
- dbVar
- GTR
- MedGen
- OMIM - מאגר המכיל את כל המחלות התורשתיות הידועות באדם.
PubChem:
- BioAssays - סריקת פעילות ביולוגית של חומרים כימיים.
- תרכובות - מאגר של מבני מולקולות כימיות קטנות.
- מסלולים
- חומרים - מאגר של חומרים שהופקדו.

לקריאה נוספת

Gretchen Gibney and Andreas D. Baxevanis, Searching NCBI Databases Using Entrez Curr Protoc Bioinformatics. 2011 Jun;Chapter 1:Unit 1.3. doi: 10.1002/0471250953.bi0103s34. PMID: 21633942.