SILAC
סימון איזוטופים יציבים של חומצות אמינו בתרביות תאים (Stable isotope labeling by amino acids in cell culture או SILAC) היא שיטה המבוססת על ספקטרומטר מסה המזהה הבדלים בכמות החלבונים בדוגמאות שונות באמצעות סימון עם איזוטופים שאינם רדיואקטיביים. שיטה זו פופולרית ביותר בתחום הפרוטאומיקה הכמותית.
בשיטה זו מגדלים שתי אוכלוסיות של תאים בתרבית תאים. אחת האוכלוסיות מגודלת על מצע מזון המכיל חומצות אמינו רגילות, בעוד שהאוכלוסייה השנייה מגודלת במצע מזון המכיל חומצות אמינו המסומנות באמצעות איזוטופים כבדים (ושאינם רדיואקטיביים). דוגמה לכך עשויה להיות מצע מזון המכיל ארגינין המסומן עם 6 אטומי פחמן-13, במקום פחמן-12. כאשר התאים גדלים במצע זה הם עושים שימוש בארגינין כבד בחלבונים שאותם הם מייצרים, ובהשוואה לחלבונים רגילים חלבונים אלו כבדים ב-6 Da על כל ארגינין המצוי בהם. בהמשך ניתן לנתח את החלבונים משתי אוכלוסיות התאים יחד באמצעות ספקטרומטר מסה. זוגות של פפטידים זהים כימית המורכבים מאיזוטופים שונים הם בעלי תכונות כימיות זהות, אך ניתן לזהותם באמצעות ספקטרומטר מסה. היחס בין השיאים של הקריאות של ספקטרומטר המסה ביחס לזוגות חלבונים כאלו מעיד על כמות החלבונים באוכלוסייה הנבדקת.
בשיטה זו נעשה בין היתר שימוש כדי ללמוד על האיתות תאי, שינויים אחרי תרגום שמתרחשים בחלבונים (כדוגמת פוספורילציה), קשרי חלבון-חלבון ובקרה של ביטוי גנים.
לקריאה נוספת
- Ong SE, Mann M (2007). "Stable isotope labeling by amino acids in cell culture for quantitative proteomics". Methods in Molecular Biology. 359: 37–52. doi:10.1007/978-1-59745-255-7_3. PMID 17484109.
24662957SILAC