EMBOSS

EMBOSS או European Molecular Biology Open Software Suite היא חבילה חינמית לאנליזות וניתוח תוכנה שפותחה לצורכי קהילת המשתמשים בביולוגיה מולקולרית ובביואינפורמטיקה, התוכנה מתמודדת אוטומטית עם נתונים במגוון פורמטים ואף מאפשרת שליפה שקופה של נתוני רצפים מהרשת. כמו כן, מכיוון שספריות נרחבות מסופקות עם החבילה, זוהי פלטפורמה המאפשרת למדענים אחרים לפתח ולפרסם חבילות קוד פתוח. EMBOSS גם משלבת מגוון של חבילות וכלים הזמינים לניתוח רצפים.

שמו של הפרויקט European Molecular Biology Open Software Suite, מתייחס לחבילה של תוכנות פתוחות לביולוגיה מולקולרית, החלק ה- "אירופי" מרמז על ההיקף הציבורי והפתוח של חבילת התוכנות האלו. קבוצות הליבה של EMBOSS משתפות פעולה עם קבוצות רבות אחרות כדי לפתח את היישומים החדשים שהמשתמשים צריכים. זה נעשה מההתחלה עם EMBnet, הרשת האירופית לביולוגיה מולקולרית.

חבילת EMBOSS מכילה בין היתר מגוון יישומים לעימוד רצפים, חיפוש מהיר של מסד נתונים עם דפוסי רצף, זיהוי מוטיב חלבון (כולל ניתוח תחום).

קבוצות יישומים הזמינים ב-EMBOSS

קבוצה	תיאור
קובצי ACD	קורא ומעבד קובצי ACD
רצפי קונצנזוס	מיזוג רצפים על מנת ליצור רצפי קונצנזוס
הבדלי ריצוף	מציאת הבדלים בין רצפים
עימוד גלובלי ונקודתי	עימוד רצפים בצורה גלובלית ובצורה לוקלית
עימוד בגרף-נקודות	השוואה בין 2 רצפים במטריצת נקודות
השוואה מרובת רצפים	השוואה בין כמה רצפים שונים
תצוגה	תצוגה באיכות פרסום
עריכה	עריכת ריצוף
קינטיקה אנזימטית	מחשבון לחישוב קינטיקה אנזימטית
HMM	אנליזת מודל מרקוב חבוי
מידע	מידע ועזרה כללית למשתמשים
חומצות גרעין	מבנה משני של חומצות גרעין
קודונים	מקבל רצף DNA ומחזיר את המספר והתדירות של כל סוג קודון.
איי CpG	איתור וניתוח אי CpG ברצף נתון
מציאת גנים	תחזיות של גנים ותכונות גנומיות אחרות
הרכב חומצות הגרעין	הרכב רצפי נוקלאוטידים
מוטיבים	חיפוש אחר מוטיבים ברצף הנתון
מוטציות	חיפוש אחר מוטציות ברצף הDNA
פריימרים	ניבוי וחיזוי אחר פריימרים
חזרות	מציאת רצפים חוזרניים
אתרי רסטריקציה	מציאת אתרי אנזימי רסריקציה ברצפי הנוקלאוטידים
קיפול RNA	שיטות וניתוח קיפול RNA
שיעתוק	פקטורי שיעתוק, פרומוטורים, וניבוי סיום השיעתוק
תרגום	תרגום של רצף נוקלאוטידים לרצף חלבונים
עצים פילוגנטיים	ציור עצים ושיטות למציאת תכונות מתמשכות, תכונות נבדלות, תדירויות של גנים ועוד
חלבונים	מציאת רצפי חומצות האמינו של החלבון, מציאת מוטיבים כללים ומוטציות
מבנה החלבונים	מציאת מבנה דו ממדי ותלת ממדי של חלבונים

ראו גם

• SOAP - ממשק אינטרנטי הכולל את EMBOSS

קישורים חיצוניים

• EMBOSS Homepage, emboss.open-bio.org, האתר הרשמי של EMBOSS
• EMBOSS programs < EMBL-EBI, www.ebi.ac.uk כלים של EMBOSS באתר EBI

הערך באדיבות ויקיפדיה העברית, קרדיט,
רשימת התורמים
רישיון cc-by-sa 3.0

35441691EMBOSS