BWA

BWA היא תוכנה המשמשת לעימוד רצפים (alignment) כנגד גנום ייחוס גדול, כמו הגנום האנושי. עימוד הרצף שהתוכנה מבצעת הוא שמרני ויאפשר התאמה רק אם היא קיימת. לתוכנה יש שני רכיבים עיקריים, אחד לקריאת רצפים הקצרים מ-150bp והשני לקריאת רצפים ארוכים יותר.

מצבי BWA

לBWA יש מצבים שונים המותאמים לאורכי רצף שונים:

BWA-backtrack

מיועד לקריאה של רצף Illumina עד 100bp.

BWA-SW

מיועד לקריאה של רצפים ארוכים יותר הנעים בין 70bp ל-1Mbp, בעל תמיכה בקריאה ארוכה ועימוד מפוצל.

BWA-MEM

בעל תכונות דומות לBWA-SW, אך זוהי הגרסה העדכנית ביותר, גרסה זו מומלצת לשאילתות באיכות גבוה מכיוון שהיא מהירה ומדויקת יותר. ל-BWA-MEM יש גם ביצועים טובים יותר מ-BWA-backtrack עבור קריאות Illumina של 70-100bp.

פקודות BWA-MEM

יצירת תיקייה ומעבר אליה:

mkdir folder; cd folder $

יצירת האינדקס:

bwa index folder/genome.fa $

דוגמת הרצה:

שורת ההרצה מכילה את הפרטים הבאים :

• -t מייצג את מספר התהליכים.
• הכתובת לאינדקס של הגנום.
• קבצי FASTQ.
• < שמירת פלט לקובץ SAM

bwa mem -t 2 folder/genome.fa pair_1.fastq pair_2.fastq > output_file.sam $

ראו גם

• ריצוף DNA

קישורים חיצוניים

• אתר האינטרנט הרשמי של BWA
• מדריך לשימוש בתוכנה (באנגלית)

הערך באדיבות ויקיפדיה העברית, קרדיט,
רשימת התורמים
רישיון cc-by-sa 3.0

35555781BWA