עץ פילוגנטי מושלם

עץ פילוגנטי מושלם הוא מונח מתחום הביולוגיה החישובית המציין עץ פילוגנטי, שבו לכל מין המתפצל מאב קדום ישנה תכונה השייכת אך ורק לפרטים המתפצלים מאותו המין והלאה. כתוצאה מכך במורד הענפים בעץ לא תמצא הומופלסיה, מונח המתאר תכונות אשר התפתחו ממנים שונים אך מבחינה פונקציונלית מבצעים את אותה הפעולה באותו האופן. כאשר אין הומופלסיה נגרר בהכרח שהתכונות לא עוברות אבולוציה מתכנסת, מונח המתאר תהליך של הסתגלות לסביבה מסוימת הגורמת לפיתוח תכונה דומה בין מינים ללא אב קדמון משותף. תכונה נוספת של עץ פילוגנטי מושלם היא שבכל צומת בעץ עומד אב קדמון משותף של הענפים היוצאים ממנו מה שגורר שאין העברה גנטית הוריזונטלית בין מינים כלומר אין ערבוב גנים בין פרטים שהם לא מאותו המין.